該中心由國家發展改革委員會批準(計高技[2002]1650號)，揚子江藥業集團投資，聯合南京大學、南京理工大學、南京中醫藥大學、北京中醫藥大學、中科院上海藥物研究所等單位組建。工程中心總體規劃150畝，總投資1.56億元，其中國家投資1000萬元，江蘇省投資500萬元，總面積約12000平方米。2011年以來中心建成了膜分離技術中試平臺及制劑生產線，并配置相應的檢測中心平臺，配備設備儀器、科研設備累計金額已達人民幣3000萬元。同時平臺建設期間，接受了南京中醫藥大學、中國藥科大學、揚子江藥業集團等單位的樣品制備和試制。

中心同時是省級院士工作站，擁有科研人員70余名,其中博士7名，碩士30多名。此外公司于2013年10月，與國際著名研發型集團PPD的子公司保諾科技有限公司聯合，成立揚子江•保諾南京海陵創新藥研發中心，引進美國、印度等在創新藥領域等有豐富經驗的科學家，以“創仿兼顧，中西結合”的發展理念，以借鑒國外藥品先進藥物檢測和質量控制理念為目的，拓展海陵中藥工程中心在產業制備、質量把控、過程監督等系列中藥研發平臺特色，對促進中藥制造業現代化和產業化發展，發揮了較大的作用。

目前公司累計申請發明專利50多件，已獲授權發明專利12件，承擔包括國家、省、市級科研項目10多項，累計獲扶持資金3000多萬元，成功開發上市品種累計24個。在國內外學術期刊上累計發表各類學術論文40多篇。目前在研各類新藥40余項，其中包括一類新藥，中藥5類、6類以及化藥3類、4類。
2011年以后，企業獲得的主要榮譽：

2011年榮獲經濟社會事業發展十佳有功單位稱號
2011年榮獲第三批江蘇省民營科技企業稱號
2013年獲得中國質量誠信建設示范企業稱號
2013年獲得江蘇省重合同守信用企業
2013年獲得南京市綠色環保企業稱號
2013年獲得南京市企業技術中心
2014年6月，脈絡通膠囊、依帕司他膠囊/片、甲鈷胺膠囊/片/注射液榮獲江蘇省高新技術產品認定
2014年，南京市知識產權示范企業
2014年10月，江蘇省企業技術中心
2014年12月，江蘇高新技術企業
2015年獲得江蘇省守合同重信用企業稱號
2015年獲得南京市市長質量獎